（以那艾水蒸氣蒸餾實驗為例）蒸汽發生器內部的清潔消毒分為日常和深度兩個層次。日常清潔:每次使用后排空余水并用純化水沖洗2至3遍，減少離子和有機物殘留。深度清潔（每月一次）:注入5%檸檬酸溶液至水位線，開機加熱至60至70攝氏度（不要沸騰，避免酸液蒸氣腐蝕其他部件），恒溫浸泡30分鐘后排出，再用純化水沖洗3遍至pH試紙檢測中性；消毒步驟:注入3%雙氧水或75%乙醇溶液至水位線，浸泡15至20分鐘，排空后用無菌純化水沖洗。那艾NAI-ZLY-6F的蒸汽發生器設有排水閥，方便排液和沖洗操作。

冷凝管清潔分為內管和外管（夾層）兩部分。內管（餾出液通道）常見污染物為揮發油殘留和水垢，用乙醇沖洗去除油漬，用稀醋酸沖洗去除水垢。外管（冷卻水通道）主要問題是水垢和生物膜——水垢用稀鹽酸循環清洗（注意不要腐蝕金屬接頭），生物膜用含氯消毒液（有效氯濃度200至500毫克每升）循環消毒30分鐘，最后用清水沖洗。那艾水蒸氣蒸餾法裝置的蛇形冷凝管因其螺旋結構，手工刷洗困難，建議使用蠕動泵驅動清洗液循環清洗。

長期停用（超過1個月）后重新啟用前需執行全面檢查和維護:蒸汽發生器——檢查內腔有無霉斑或銹點，加純化水到水位線后空載加熱至沸騰，觀察蒸汽產生是否正常、有無異味；電氣系統——檢查電源線和插頭有無老化或被鼠咬痕跡，通電后觀察顯示屏和指示燈是否正常；玻璃組件——檢查所有玻璃管路和接口有無裂紋或磨口粘連；密封件——硅膠管和密封墊長期不使用時可能硬化，建議直接更換新件而非冒險使用老化件；安全功能——測試缺水保護和過溫保護是否生效。上海那艾儀器建議用戶在執行重大項目前一周完成啟用檢查，留出問題處理的時間。