有，而且是很多人忽略的風險。在水質檢測中，如果水樣來自醫院污水、養殖廢水、生活污水，水樣中可能含有致病微生物（大腸桿菌、沙門氏菌、病毒等）。蒸餾過程中，水樣被加熱到100度——大部分致病菌在100度下會被殺滅。但蒸餾初期的升溫和后期的冷卻階段，蒸汽和冷凝液中仍可能含有未被完全滅活的微生物（尤其是耐熱芽孢）。安全做法:微生物風險水樣在蒸餾前進行預處理——加入消毒劑（如漂白粉）滅活30分鐘后再蒸餾。蒸餾廢棄液（蒸餾瓶殘液）按生物安全廢棄物處理（高壓滅菌后才能排放，不能只當化學廢液處理）。

硫化物蒸餾的特殊危險在于:硫化氫是一種劇毒、易燃、且有臭雞蛋氣味的氣體——濃度100ppm時接觸2分鐘可以致死，爆炸極限4.3-46%（極易燃易爆）。全密閉是為了不讓H2S泄漏到實驗室空氣中（裝置從蒸餾瓶→冷凝管→接收液全程密封），通風是為了萬一發生泄漏時H2S能被立刻排出（H2S比空氣重，會沉積在地面低處）。兩者不矛盾——密閉是防護的"墻"，通風是萬一墻被突破后的"安全網"。那艾NAI-ZLY-6L做硫化物蒸餾時推薦使用額外的H2S氣體傳感器（外掛在蒸餾儀上方約50cm處），一旦檢測到H2S超過10ppm，立即響警報并切斷全部加熱電源。

重點關心三類物質。苯酚（揮發酚蒸餾的目標物和標準物質）——皮膚接觸可快速吸收，對胎兒有潛在的發育毒性。氰化物——劇毒，胎盤屏障不能完全阻止氰化物進入胎兒體內。有機溶劑（甲醇、乙醇、甲醛等在接收液中經常用到）——長期低濃度接觸與流產和出生缺陷的統計學關聯。安全原則:孕婦和哺乳期應完全避免接觸含上述物質的工作環境——調崗而非"加強防護"（防護沒有100%）。如果無法調崗而必須留在蒸餾實驗室，僅限于操作無毒的蒸餾項目（如乙醇濃度測定、純水的蒸餾）。