絕對不能用自來水。自來水中的鈣鎂離子在熱交換過程中會在冷凝管外壁和冷卻水管路內壁沉積形成水垢（碳酸鈣和碳酸鎂），水垢的導熱系數僅為銅的1/400——即使0.5mm厚的水垢層也會導致冷凝效率下降20-30%。應該使用以下兩種水之一:實驗室純水（去離子水或蒸餾水，電導率≤10μS/cm），幾乎不含鈣鎂離子，長期使用不會產生水垢，但需要每3個月更換一次（因為純水會吸收空氣中的CO2變成弱酸性碳酸，pH可能降至5-6，長期對銅管路有輕微腐蝕）；專用的循環冷卻液（如汽車防凍液與純水按1:3比例混合），防凍液中的乙二醇和緩蝕劑可以防凍、防垢、防腐蝕，更換周期可延長至6個月。那艾NAI-ZLY-6L出廠時預裝的就是專用冷卻液。

綠藻（通常是綠球藻或藍藻）在冷卻水中滋生是因為三個條件同時滿足:有光照（透明的冷卻水管路中陽光或燈光照射）、有養分（冷卻水中的微量礦物質）、溫度適宜（20-35℃最適合藻類生長）。清除方法:排空舊冷卻水→用稀釋的次氯酸鈉溶液（84消毒液與水1:50）灌滿冷卻水系統→循環沖洗30分鐘（殺滅藻類和細菌）→排空→純水沖洗三遍→灌裝新冷卻液。預防方法:在冷卻水中加入藻類抑制劑（如游泳池用的季銨鹽類殺菌劑，每升冷卻水加1-2mL）；用不透明的黑色保溫棉包裹透明的冷卻水管路，遮蔽光線阻止藻類光合作用。那艾蒸餾儀的冷卻水管路在出廠時已用黑色橡膠包裹，基本杜絕了藻類滋生。

如果實驗室溫度降至0℃以下，冷卻水確實可能凍結——水結成冰體積膨脹約9%，足以脹裂冷卻水管路、冷凝管玻璃外殼甚至水泵。防凍措施:如果蒸餾儀長期不使用（如春節放假半個月），最徹底的防凍是排空冷卻水——打開冷卻水箱底部的排水閥，讓所有冷卻水流出，并用壓縮空氣從進水口吹氣把管路中的殘留水吹出來。如果不能排空（如需要隨時待命），在冷卻水中加入乙二醇型防凍液（按防凍液與純水1:2比例混合，冰點可降至-20℃）。那艾NAI-ZLY-6L的冷卻系統中已預裝防凍型冷卻液（乙二醇濃度25%），冰點-12℃，適合大部分南方地區的冬季低溫。北方嚴寒地區（冬季最低溫低于-15℃）建議排空或提高防凍液濃度至50%。